AP/MALDI 基于高重频二极管泵浦全固态 (DPSS) 紫外晶体激光器，使离子化高效、连续、稳定，调谐简便易行，与各种质谱分析器相连，适于多肽、蛋白、核酸、唾液酸、低聚糖、表面活性剂、聚合物大分子，以及氨基酸、寡肽、中性寡糖等小分子化合物的原位、直接分析。空间分辨率达 5μm（微米）以下。
AP/MALDI 与“真空 MALDI” 工作原理基本相似，以低熔点的小分子有机物做基质，吸收激光能量，在其脱附成气态进入气相的过程中发生电离，生成基质离子。中性待测分析物与基质离子发生气相中的质子交换或电子迁移并离子化，进入质谱而被检测。
AP/MALDI 与“真空 MALDI” 不同之处在于 AP-MALDI 的离子化发生在大气压下，由于带电离子通过与辅气分子碰撞达到热平衡，形成较稳定的电子云，电离更柔和，能够提供稳定离子流，为连续电离源。另外，点样及换样过程发生在大气压状态，不需要（像真空 MALDI 那样）切换真空，为现代原位电离源之一，实际操作和使用非常便捷。
同时，AP MALDI 更允许使用非挥发性以及挥发性溶剂溶解样品。某些热不稳定化合物在真空条件下由于激光灼热引发的分解，将能在大气压状态下由空气对流冷却而加以避免。同时，AP/MALDI 的兼容性也远远好于“真空 MALDI”，与各个厂家多种类型的质谱仪（串四极杆、离子阱、TOF、QTOF、Orbitrap、FT 等等）兼容，并能实现与原有离子源地快速互换。
